Nền móng của trường THPT Chuyên tỉnh Cao Bằng đã có cách đây gần 40 năm. Đó là lớp Toán đặc biệt năm 1965. Trải qua nhiều thăng trầm, đến tháng 12 năm 2001, trường THPT Chuyên tỉnh Cao Bằng chính thức được thành lập. Mười một năm qua, trường đã lập nên nhiều thành tích đáng tự hào trong giảng dạy và học tập. Tỷ lệ đỗ ĐH luôn đạt trên 85%, hàng năm đều có học sinh giỏi quốc gia, trong đó đã có giải nhất, giải nhì ở các môn khoa học Xã hội.

     Chất lượng giáo dục của nhà trường đã được khẳng định và ghi nhận trong danh sách Top 200 trường THPT có kết quả thi ĐH cao nhất cả nước. Năm 2010, trường đã được công nhận Trường đạt Chuẩn Quốc gia.
Có được thành quả như ngày hôm nay, trường THPT Chuyên tỉnh Cao Bằng đã phải trải qua một quá trình xây dựng và phát triển với những nỗ lực kiên trì, bền bỉ của tập thể cán bộ, giáo viên và học sinh nhà trường. Trường THPT Chuyên tỉnh Cao Bằng thực sự đã trở thành địa chỉ tin cậy của các bậc phụ huynh và học sinh trong tỉnh.